Archive for the ‘Química’ Category

Invitación para formar parte de Planeta Proyecto Ciencia

Viernes, febrero 26th, 2010
El motivo de este mensaje es invitarlos a participar en Planeta Proyecto Ciencia¹, el cual es un agregador de feeds a blogs.
Algunos ejemplos de planetas reconocidos:

Por lo tanto, si tienes un blog el cual te gustaría que agregáramos, entonces no dudes en enviar la siguiente información:

1) Nombre
2) Feed para el blog
3) Hackergotchi² (opcional)

Como política preliminar, se requiere que los tópicos publicados sean acerca de ingeniería, ciencias, o computación. Por lo tanto se
agradecería bastante que el feed sea lo más filtrado como sea posible. Sin embargo, es importante destacar que los planetas brindan
la posibilidad de publicar vivencias propias de los individuos que la componen. Los interesados favor comunicarse a la dirección:
muammar@proyectociencia.org.

Planeta Proyecto Ciencia ya está On Line y lo puedes visitar en:
http://www.proyectociencia.org/planeta

Texto extraído de http://proyectociencia.org/pipermail/gupy/2010-February/000327.html

Cómo compilar Gaussian 03 en Debian AMD 64

Jueves, noviembre 19th, 2009

He publicado en el Wiki de Proyecto Ciencia cómo  compilar e instalar Gaussian 2003:

http://proyectociencia.org/Wiki/index.php/Compilar_e_Instalar_Gaussian_03_en_Debian_AMD64

Se explica paso a paso cómo compilar e instalar PGI Fortran y luego cómo compilar e instalar Gaussian 03. También se explican los pasos para configurar el ambiente BASH de los usuarios que ejecutarán Gaussian en la estación de trabajo.

LIX CONVENCIÓN ANUAL DE AsoVAC – 2009

Jueves, octubre 8th, 2009

EDUCACIÓN, CIENCIA Y TECNOLOGÍA AL SERVICIO DE LA CIUDADANÍA

El Consejo Directivo de AsoVAC Capítulo Mérida invita a los investigadores, docentes y estudiantes de Pregrado y de Postgrado a participar con sus trabajos de investigación en la LIX Convención Anual de AsoVAC.

Lugar: Mérida, Universidad de los Andes,

Facultad de Ciencias Forestales y Ambientales.

Fecha: del 15 al 20 de noviembre 2009

Información Adicional:

La Asociación Venezolana para el Avance de la Ciencia –AsoVAC, es una Asociación Civil sin fines de lucro, con personalidad Jurídica, fue constituida en la ciudad de Caracas, el año 1950, por un grupo de eminentes investigadores, entre los que destaca el Dr. Francisco De Venanzi, primer Secretario General. Se establecieron los Estatutos de la Asociación, partiendo del principio de laborar con sentido universal, por la cultura científica del país; para asegurar el esfuerzo colectivo a fin de cumplir con esa digna misión, es necesario trabajar de forma mancomunada, sin rasgos o sectarismos políticos, religiosos y/o sociales. “La libertad de investigación y la de difusión de los conocimientos no tendrán más restricciones que las de orden ético y de decoro de la Asociación. La colaboración de ésta con otros organismos de instituciones afines y en especial con el estado, para cumplir con sus finalidades de progreso” (AsoVAC, p.1). Desde sus inicios, esta Asociación tuvo como misión promover y fomentar el trabajo de investigación científica en todas las áreas del conocimiento; igualmente, se debe promover la creación y el fortalecimiento de las instituciones que se consideren indispensables para el progreso de las ciencias puras y las ciencias sociales, promoviendo su aplicación en los distintos ámbitos sociales y tecnológicos.

La AsoVAC es una organización nacional federativa, constituida por Capítulos ubicados en las diferentes entidades federales del país, todos ellos bajo los mismos intereses y compartiendo los mismos Estatutos; cada uno de ellos puede establecer a su vez Seccionales para facilitar la coordinación y el trabajo de manera más eficiente. Actualmente AsoVAC cuenta con 11 Capítulos: Aragua, Carabobo, Caracas, Falcón, Guayana, Lara, Mérida, Oriente, Táchira, Yaracuy y Zulia. Todos ellos se rigen por los Estatutos de AsoVAC Nacional, los cuales fueron reajustados en el año 1994 y aprobados por la Asamblea General de todos sus miembros.

Para mayor información visita:

http://www.asovac.org.ve/merida/

Afiche:

Paquete Debian para Molden

Miércoles, abril 15th, 2009

Todos aquellos que nos hemos  dedicado a la Química Teórica/Computacional reconocemos a Molden como una herramienta, en algunos casos, fundamental. Es por ello que he creado un paquete Debian para esta aplicación.

Es necesario comentar que debido al copyright de esta aplicación, no puede incluirse en los repositorios oficiales de Debian.  A continuación pego el copyright:

Copyright (C) 1991 CMBI.

Permission to copy and use the MOLDEN software and its documentation for private usage, is hereby granted to non profit organisations. No part of the software code may be reused without specific permission of the CMBI.

The MOLDEN software is provided “as is” without explicit or implied warranty.

The author should be cited in any work based on this material.

Commercial users (non-acedemic,for-profit organisations) are required to receive authorization to download and use MOLDEN by printing, completing, signing and fax-ing the COMMERCIAL_LICENSE-AGREEMENT to the CMBI at Fax. nr. +31 024 3652977. This document is also available as file from the CMBI Anonymous ftp site; ftp.cmbi.ru.nl

El uso de estos paquetes es solo de tipo académico. Si quieres descargarlos puedes agregar estas líneas a tu repositorio:

AMD64:

deb http://proyectociencia.org/debian amd64/

i386:

deb http://proyectociencia.org/debian i386/

Luego de agregarlos, actualizas APT con:

# aptitude update

o

# apt-get update

Una vez actualizado APT, puedes instalar molden simplemente ejecutando:

# aptitude install molden

o

# apt-get install molden

Los paquetes están firmados con mi llave digital. Estos paquetes deberían funcionar en Debian y Ubuntu. En caso de que consigan algún error, por favor escriban a cualquiera de mis correos. Por otro lado,  pronto publicaré el source de esta aplicación.

Espero que les sean útil estos paquetes.

Errores comunes en Gaussian

Miércoles, febrero 4th, 2009

Este post lo encontré en la red en inglés por tanto lo pueden ver haciendo click aquí. Lo que hice fue traducirlo y de esta manera compartirlo. Como químico cuántico en ocasiones nos encontramos con errores en este paquete computacional que no sabemos que significan o cómo resolverlos. Espero que sea de utilidad.

Errores Físicos:

Estimate disk for full transformation -677255533 words. Semi-Direct transformation. Bad length for file.

En este caso puedes configurar el uso del keyword MaxDisk (http://www.gaussian.com/g_ur/k_maxdisk.htm) o puedes partir el archivo RWF usando:

%RWF=loc1,size1,loc2,size2, …

La palabra 1 significa 8 bytes.

Error debido al uso de memoria:

IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
Unable to allocate space to process matrices in G2DrvN:
NAtomX= 58 NBasis= 762 NBas6D= 762 MDV1= 6291106 MinMem= 105955841.

Esto muestra que Gaussian tiene 6 MW de memoria libre pero para computar requiere 106 MW. Coloca un valor más alto de memoria, (al menos 106 MW (848 Mbytes)) en el achivo de entrada en el input ‘mem’.

Errores de convergencia:

1. Error de terminación por petición procesada por link 9999.

Error termination via Lnk1e in /usr/local/intel/g03/l9999.exe at Thu =
Jun 1 16:23:59 2006.
Job cpu time: 0 days 5 hours 22 minutes 24.2 seconds.

Hay muchas razones que pueden causar este error. Usualmente, este error demuestra que no hay convergencia en las iteraciones. Lo primero que debes hacer, es chequear en número máximo de iteraciones, si el número es excedido, significa que las iteraciones no han finalizado aún para completar el cálculo. Puedes repetir las iteraciones desde la última geometría con el keyword Geom=check y agreagando maxcycle=100 por ejemplo.

2. … Annihilation of the first spin contaminant:. S**2 before annihilation 1.0036, after 0.0288.

Esto es casudo por un cálculo erróneo de espín. También hay muchas razones para que esto ocurra. Lo primero que debes hacer es chequear el método que usaste sea resctrictivo o no. En mi experiencia, este problema usualmente ocurre cuando uso pequeños métodos, por ejemplo HF para sistemas relativamente complejos. Lo segundo es que esto puede suceder debido a un mal input de geometría. Esto creará un peor cálculo guess inicual, y causa este problema.

3. … Error termination in NtrErr:

NtrErr Called from FileIO.

Este error es común. Se da cuando el cálculo excede el límete máximo de ‘maxcycle’. Continuar la iteración con Geom=check o cambiar la estructura con un mejor calculo guess podría solucionar este problema.

Errores en el Archivo de Entrada:

1. QPERR — A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.

Chequea el archivo de entra porque esto significa un error en el. Usualmente, Gaussian notificará alguna otra cosa debajo de esa línea.

2. .. GFINPUT NOSY

Chequea el método, o el conjunto base.

3. Información pseudopotencial no encontrada en el archivo rwf.

La combinación de multiplicidad 1 y 9 electrones es imposible. Hay dos errores en este caso, el primero está relacionado a un viejo archivo .chk que está siendo usado en el actual cálculo. El archivo .chk probablemente da una información diferente a la que tu necesitas. Lo segundo está relacionado a la multiplicidad y la carga escrita en el archivo de entrada podría estar mal.

4. Error debido al número de variables en la estructura de entrada.
************************************************
** ERROR IN INITEF. NUMBER OF VARIABLES (111) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) **
************************************************

Esto se puede deber a que cuando usas CASSCF o opt(ES) y colocas demasiadas variables a la estructura de entrada. Esto es una de las limitaciones de la versión actual del algoritmo y puede ser resulta limitando tu número máximo de variables a 50, por ejemplo, hacer que las otras se congelen.

Revistas científicas de Acceso Abierto

Lunes, enero 26th, 2009

Existe un directorio de Revistas científicas de Acceso Abierto, el DOAJ (Directory of Open Access Jornals por sus siglas en Ingles). Empecemos hablando un poco de esta iniciativa:

http://www.doaj.org/doaj?func=findJournals

El objetivo del DOAJ es incrementar y facilitar el uso de revistas científicas y académicas, y evaluar el impacto que estas tienen en la comunidad científica.

El Directorio pretende ser global y abarcar todas las revistas científicas de acceso abierto (en todas las áreas) que estén provistas de un buen arbitraje, para garantizar el contenido de estas.

Definiciones:

Revistas de Acceso Abierto : “Open Access Journal:

Se define como revistas de acceso abierto a revistas que usan un modelo de financiamiento que no cobra a sus lectores o instituciones para el acceso. Al hablar de “acceso abierto” tenemos el derecho como usuarios a “leer, descargar, copiar, distribuir, imprimir, buscar, o enlazar los textos completos de estos artículos”, y esto es obligatoria para una revista que este en este directorio.

Les invito a visitar su sitio web:

http://www.doaj.org/doaj?func=findJournals

Bienvenidos al Blog de ProyectoCiencia.Org

Viernes, octubre 10th, 2008

Aquí encontrarás noticias el panorama actual en materia de ciencia y tecnología, artículos educativos, información sobre cursos, talleres, jornadas y escuelas a nivel nacional e internacional.

Todo usuario que quiera participar activamente en la publicación de noticias en nuestro blog puede contactarnos mediante la dirección:

info@proyectociencia.org

Para finalizar los dejamos con la Política de Publicación en el Blog

Política de Publicación y Administración del Blog de Proyecto Ciencia

De ahora en adelante, a menos que se especifique lo contrario, cada vez que se mencione la palabra Blog, nos estaremos refiriendo al Blog de Proyecto Ciencia.

Bloque 1: Generalidades sobre el Blog

Articulo 1. El blog de proyecto ciencia es un espacio en la red destinado solo a la publicación de artículos educativos, noticias de actualidad y eventos referentes a la ciencia.

Articulo 2. Los principales objetivos del blog serán informar a la comunidad de usuarios sobre las noticias de actualidad en el panorama científico, y divulgar conocimiento científico por medio de artículos educativos, los cuales pueden estar basados en experiencias o ideas por parte de los autores.

Articulo 2.1. También entra dentro de los objetivos del blog, informar a la comunidad de usuarios acerca de eventos, cursos, talleres y/o conferencias que sean de interés científico-técnico.

Bloque 2: Sobre la publicación en el Blog

Articulo 3. Esta totalmente prohibido publicar información con copyright en el blog.

Articulo 4. Cualquier información con copyleft o cualquier otra modalidad de licencia pública debe citar claramente la fuente de donde proviene la información.

Articulo 5. Cualquier persona que publique información y la firme como suya sin serlo, se le quitará el derecho de publicación en el blog y entrará en la lista negra de usuarios.

Articulo 6. No se publicaran en el blog: artículos de investigación, monografías, Tesis, Libros, o cualquier otro material que no entre en alguna de las categorías expresadas en los articulos 2 y 2.1.

Bloque 3: Sobre la Administración

Articulo 7. El blog es dirigido por un conjunto de personas, los cuales serán llamados administrador(es), administrador delegado(s), sub-administrador(es) y colaboradores, según sus ocupaciones y actividad dentro del blog.
Articulo 8. El comité de publicaciones es libre de revisar, evaluar, coordinar y publicar información en el blog.

Articulo 9. La tarea principal de los administradores del blog será el mantenimiento, supervisión y moderación en el blog. Al ser representantes del blog ante el comité de publicaciones estos también podrán revisar, evaluar, coordinar y publicar información dentro del blog.

Articulo 9.1. En caso de ser necesario, los administradores pueden solicitar ayuda a los integrantes del comité de publicaciones de proyecto ciencia, con lo cual aparecerá la figura de sub-administrador, cuya principal tarea es ayudar a los administradores en el manejo de información, mantenimiento y moderación en el blog.

Articulo 9.2. A los usuarios que sean muy activos (previa discusión entre los administradores y sub-administradores), se les otorgará permisos de publicación en el blog, y entraran en la categoría de colaboradores, esto con el objetivo de mantener un flujo constante de información y a la vez ayudar a los administradores y sub-administradores del blog.

Articulo 10. Los administradores, sub-administradores y colaboradores deben permanecer siempre investigando en internet o cualquier otro medio de comunicación, con el fin de mantener siempre noticias actualizadas, para el cumplimiento de los artículos 2 y 2.1.

Bloque 4: Sobre la Coordinación de Publicaciones

Articulo 11. El blog es un “ente” perteneciente a la coordinación de publicaciones de proyecto ciencia.

Articulo 12. Las decisiones referentes a publicación de noticias solo le conciernen a la coordinación de publicaciones.

Articulo 13. El software utilizado por el Blog de proyecto ciencia, puede (en caso de ser necesario) ser cambiado y/o modificado por los administradores del blog, para ello deberán informar antes a la coordinación de plataforma web.

Articulo 14. La coordinación general puede participar y modificar, en caso de ser necesario, la política y publicación del blog. Esto se hará por medio de un consenso, en donde, de manera democrática, se expondrán las propuestas de cambios y se votará para la afirmación o negación de estas.